南京总统府，迄今已有600多年的历史。明朝初年曾是归德侯府和汉王府。清朝这里改为两江总督署，与江宁织造署隔街相望。清朝康熙、乾隆皇帝下江南时均以此为“行宫”。两江总督管辖富庶的江苏、安徽和江西三省，是最有权势的封疆大吏之一。林则徐、曾国藩、李鸿章、刘坤一、沈葆桢、左宗棠、张之洞、端方等人皆在此任两江总督。
1853年太平天国定都天京后，洪秀全在此改建规模宏大，豪华盖世的天朝宫殿天王府。清军攻破南京后，曾国藩下令将天王府彻底焚毁，然后在1870年重建符合礼制规范要求的两江总督署。
1911年辛亥革命胜利后，中华民国取代大清帝国。1912年1月1日，孙中山在总统府处宣誓就任中华民国临时大总统，并组建了中国历史上第一个共和制的国家政权 —— 中华民国临时政府。
1912年4月，中华民国临时政府结束，在这里成立了以黄兴为留守的南京留守府。
中华民国国民政府迁南京后，国民政府本身在此办公。行宪后蒋中正在此地就任总统。
1949年（民国38年），4月23日中国人民解放军进入南京，24日，中国人民解放军占领总统府。国民政府迁驻台北（在法律上仍以南京为首都），总统府办公室也移往“台北总统府”。
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